Dzięki skutecznej prewencji, braku zanieczyszczeń przemysłowych i dużemu oporowi środowiska (lasy mieszane) zdrowotność lasów bartoszyckich jest dobra. Szybkie usuwanie zasiedlonych oraz mogących potencjalnie ulec zasiedleniu (wywrotów i złomów) to najskuteczniejsza metoda zapobiegania rozwojowi ognisk masowego wylęgu szkodników wtórnych.

Nadleśnictwo posiłkuje zwalczanie szkodników owadzich wykładając pułapki feromonowe na różne gatunki szkodników (kornik drukarz, cetyniec większy, rytownik pospolity, zwójki, brudnica mniszka) oraz ponad sto pułapek klasycznych. Podejmujemy również działania zwiększające opór środowiska – „inwestujemy" w naturalnych sprzymierzeńców ptactwo leśne i mrówki. Na terenie naszych lasów rozmieszczone jest ponad 100 budek lęgowych. Nie usuwamy drzew dziuplastych, które stanowią miejsca gniazdowania wielu cennych gatunków ptaków, tworzymy specjalne miejsca tzw. remizy obsadzone krzewami i drzewami dającymi jadalne dla ptaków owoce. W okresie zimowym wykładamy ok. 150 kg karmy dla ptaków. 

Istotnym elementem ochrony lasu jest zabezpieczanie upraw przed zwierzyną. Owijanie pędów szczytowych sadzonek wełną owczą jest naturalnym i w miarę skutecznym sposobem zabezpieczania młodych drzewek przed zgryzaniem. Zabieg ten jest corocznie wykonywany na powierzchni kilkuset hektarów. W miejscach, gdzie istnieje zagrożenie dla trwałości lasu, stosuje się grodzenie najcenniejszych fragmentów upraw leśnych płotem z siatki. Aby zapewnić zwierzynie potrzebne urozmaicenie pokarmu i odciągnąć od upraw leśnych corocznie wykładane jest ok. 1600 "drzew zgryzowych" z przeznaczeniem na karmę włóknistą.