W zasięgu terytorialnym Nadleśnictwa Bartoszyce znajdują się trzy rezerwaty jednak żaden z nich nie leży na gruntach administrowanych przez Lasy Państwowe.

 

Rezerwat częściowy „Ustnik" na obszarze śródpolnego zbiornika wodnego i nieużytków o łącznej powierzchni 32,50 ha w gminie Kiwity na gruntach wsi Tłokowo i Modliny. Jest to rezerwat faunistyczny, który utworzono w celu zachowania ze względów naukowych i dydaktycznych miejsc lęgowych i obszaru wypoczynku wielu zagrożonych wyginięciem ptaków wodno-błotnych. Ten płytki śródpolny zbiornik wodny położony tuż przy szosie z Lidzbarka Warmińskiego do Jezioran odznacza się bogatą roślinnością przybrzeżną i wodną oraz obfituje w bezkręgowce wodne. Miejsce to stanowi jedną z ciekawszych ostoi ptaków wodno-błotnych. Gniazdują tu 24 gatunki, w tym 4 gatunki kolonijne. Za szczególnie cenną uznana została tutaj największa w regionie kolonia perkoza zausznika. Znaczenie tego rozlewiska podnosi również fakt, że stanowi ono miejsce odpoczynku i żerowania wielu gatunków ptaków siewkowatych, szczególnie w okresach przelotów.  Rezerwat „Ustnik" stanowiąc ostoję i miejsce bytowania wielu gatunków ptaków ze względu na swe usytuowanie, może spełniać jednocześnie istotną rolę jako obiekt turystyczny i dydaktyczny. Jego położenie w bezpośrednim sąsiedztwie szosy pozwala na wygodne obserwowanie żyjących tu ptaków bez wkraczania na obszar ich bytowania.

Zespoły roślinne wyróżnione w rezerwacie:

Rezerwat częściowy „Mokradła Żegockie" utworzony został na obszarze zabagnionych łąk i nieużytków o łącznej powierzchni 33,63 ha w gminie Kiwity na gruntach wsi Żegoty. Jest to rezerwat faunistyczny, którego celem ochrony jest zachowanie i ochrona ze względów naukowych i dydaktycznych lęgowisk i żerowisk ptaków wodno-błotnych. Rezerwat posiada aktualny plan ochrony na lata 2004-2023. Obszar rezerwatu to obniżenie terenowe, stanowiące położoną wśród pól nieckę o gruszkowatym kształcie. Węższym końcem od strony zachodniej przylega ona do wsi Żegoty rozszerzając się w swej północno-wschodniej części. Niegdyś, jeszcze w początkach XX wieku było tu płytkie, zarastające jezioro. W 1909 r. zostało ono osuszone, a teren po jeziorze zamieniono w łąki. Po wielu latach na skutek braku konserwacji urządzeń melioracyjnych obszar ten uległ ponownemu zabagnieniu. Utworzyło się płytkie rozlewisko porośnięte turzycami i trzcinami, z występującym miejscami bobrkiem trójlistkowym i kniecią błotną oraz pojedynczymi kępami łozy. Łącznie na obszarze rezerwatu stwierdzone występowanie 118 gatunków roślin naczyniowych, z tego 3 uznano za gatunki specjalnej troski dla rezerwatu - kukułka krwista, rdestnica włosowata i porzeczka czarna. Zespoły roślinne wyróżnione w rezerwacie to:

Wiosną przebywa tutaj około 2000 ptaków, głównie siewkowatych. W lipcu zaś stanowiącym początek jesiennej wędrówki na terenie rezerwatu pojawiają się bataliony. Wśród 99 gatunków ptaków występują m. in. takie gatunki jak: perkoz rdzawoszyi, perkoz zausznik, bąk, czapla siwa, łabędź niemy, gęś gęgawa, gęś białoczelna, gęś zbożowa, krzyżówka, krakwa, świstun, rożeniec, cyranka, cyraneczka, płaskonos, czernica, głowienka, łyska, kokoszka wodna, kureczka nakrapiana, wodnik, żuraw, bekas kszyk, bekasik, błotniak stawowy i rzadko obserwowana osobliwość w głębi lądu – ostrygojad. 

 

Rezerwat „Polder Sątopy – Samulewo" został utworzony na powierzchni 333, 30 ha i obejmuje obszar rozlewiska wraz przyległymi do niego łąkami i nieużytkami. Wokół północnych granic rezerwatu ustanowiono otulinę o powierzchni 793 ha. Celem ochrony w rezerwacie jest zachowanie rozlewiska stanowiącego lęgowisko licznych gatunków ptaków wodno – błotnych oraz miejsce koncentracji ptaków w czasie jesiennych i wiosennych migracji. Na terenie obecnego polderu Sątopy – Samulewo do XIX wieku istniało jezioro Sajno. Jezioro zostało osuszone w celach rolniczych, przy czym największa rozbudowa sieci melioracyjnej przypada na lata 1970-1980. Do lat 90-tych funkcjonowały tu podmokłe łąki kośne, intensywnie osuszane dzięki stacji pomp, znajdującej się w północnej części polderu. W roku 1996 z powodu zaniechania użytkowania łąki przy jednoczesnym braku konserwacji urządzeń melioracyjnych, nastąpiło przerwanie wału oddzielającego łąki od rzeki Sajny. Spowodowało to zalanie łąk wodą. Stan ten trwa do dziś. Woda utrzymywana jest na wysokim poziomie, stwarzając sprzyjające dla ptaków przelotnych miejsca odpoczynku i żerowania. W roku 1998 na terenie rozlewiska powstał użytek ekologiczny. Polder Sątopy-Samulewo posiada obecnie sprawnie działająca stację pomp, co daje możliwość regulowania poziomu wody. W okresie migracji i sezonie lęgowym utrzymywany jest wysoki stan wody. Raz na 3-4 lata, polder jest opróżniany i napełniany ponownie. Ma to związek z próbą wyeliminowania karasia srebrzystego (Carassius gibelio) – gatunku obcego w polskiej ichtiofaunie, będącego konkurentem dla karpia. Poza działaniami mającymi na celu wykluczenie karasia srebrzystego z ichtiofauny polderu, nie prowadzi się tu żadnej gospodarki rybackiej. Obszar rezerwatu to w ok. 30% teren zalewowy, który stanowi lustro wody wraz z niskim i wysokim szuwarem. Powierzchnię zalewu ogranicza od zachodniej strony wał, oddzielający wody polderu od rzeki Sajny, uregulowanej na całym przebiegu obszaru. Od strony wschodniej do polderu wpływa rzeka Ryn, nie mająca wyraźnego przebiegu i łącząca się z Sajną w części północnej. Teren zalewowy od strony wschodniej otoczony jest stromymi wzgórzami, wykorzystywanymi w celach rolniczych do uprawy zbóż i rzepaku. Od strony zachodniej Sajna graniczy z pagórkowatymi polami o charakterze gruntów ornych. Od strony południowej do polderu przylega niewielki fragment łąk kośnych. Pozostała część zaproponowanego obszaru to mozaika pól i łąk. Polder Sątopy - Samulewo to jedyne miejsce w województwie warmińsko - mazurskim, charakteryzujące się tak ogromną liczbą ptaków zatrzymujących się tu podczas wędrówek. Dochodzi tu do koncentracji ptaków wodno-błotnych przekraczających 33 000 osobników rocznie. To ewenement w skali regionu, jak i kraju. Tym bardziej, że ptaki koncentrują się na bardzo niewielkim obszarze. Warte podkreślenia są tu koncentracje siewki złotej (Pluvialis apricaria) osiągające liczebność 6500 oraz czajki (Vanellus vanellus) dochodzące do 8000 osobników. Ptaki znajdują tu miejsce odpoczynku i żerowania, co pozytywnie wpływa na przebieg migracji i ich kondycję. Warte są również podkreślenia koncentracje żurawia (Grus grus) dochodzące do 3000 osobników. Jest to także gatunek lęgowy na terenie polderu. Poza tym lęgi odbywa tu kolejnych 9 gatunków takich jak: bąk, bączek, czapla biała, błotniak stawowy, kropiatka, zielonka, derkacz, lerka oraz gąsiorek.